会計検査院は、脳や心臓疾患の労災を予防する健康診断と特定保健指導の費用について、実施していない検査や指導の費用を含めるなど不適切に算出、給付して
いるとして、厚生労働省に対し改善を求めた。試算では、17年度は3,658万円を過大給付したとされる。同省は、現在の算定方法の根拠は資料がなく確認できないとし、今後は実態にあった金額などの設定を検討していくとしている。